Karena ruang lingkup pengetahuan fisioterapi yang luas, beberapa fisioterapis mengambil spesialisasi yang lebih spesifik ruang lingkupnya. American Board of Physical Therapy Specialties mendaftar sebanyak 7 jenis spesialisasi fisioterapi yang tersertifikasi termasuk fisioterapi olahraga dan elektrofisiologi klinik. Sementara di negara-negara lainnya, umumnya terdapat enam jenis spesialisasi fisioterapis, yaitu:
1. Cardiopulmonary (Jantung dan Paru)
Fisioterapi rehabilitasi cardiopulmonary menangani berbagai keadaan pasien yang berhubungan dengan kelainan pada jantung dan paru seseorang atau orang yang baru selesai menjalani operasi jantung atau paru.
Tujuan utama spesialisasi ini di antaranya adalah meningkatkan ketahanan dan fungsi jantung dan paru seseorang. Manual terapi digunakan dalam spesialisasi ini untuk membantu membersihkan sekresi paru-paru yang dialami oleh penderita cystic fibrosis.
Kelainan jantung dan paru yang bisa ditangani spesialisasi ini dapat berupa serangan jantung, pasca operasi jantung koroner, penyakit paru-paru yang kronik, dan fibrosis pada paru.
2. Geriatric (manula)
Fisioterapi geriatric memiliki cakupan yang luas berhubungan dengan isu-isu seputar orang yang sudah melewati batas usia orang dewasa normal, tapi fokus utamanya adalah pada orang lanjut usia.
Banyak gangguan kesehatan yang mungkin dialami seseorang saat dia mulai berusia lanjut, misalnya arthritis (radang sendi), osteoporosis, kanker, penyakit Alzheimer, gangguan keseimbangan, inkontinensia, dan sebagainya. Fisioterapi geriatric membantu orang-orang yang mengalami masalah-masalah tersebut dengan mengembangkan spesialisasi geriatric, yang mampu memulihkan mobilitas gerak, mengurangi rasa sakit dan meningkatkan kebugaran seseorang.
3. Neurologis (saraf)
Fisioterapi neurologis adalah spesialisasi fisioterapi yang mmbantu orang-orang yang mengalami kelainan atau penyakit neurologis (saraf), seperti penyakit Alzheimer, CMT (Charcot-Marie-Tooth disease), ASL, cerebral palsy (kelumpuhan saraf), cedera/gegar otak, multiple sclerosis, penyakit Parkinson, cedera saraf tulang belakang dan stroke. Umumnya, kelainan yang terkait dengan kondisi neurologis berupa gangguan yang terjadi pada penglihatan, keseimbangan, aktivitas, gerakan dan berkurangnya kebebasan fungsional tubuh.
4. Ortopedi
Fisioterapi ortopedi mendiagnosa, mengelola dan menangani pasien yang mengalami kelainan dan luka-luka pada system musculoskeletal termasuk rehabilitasi setelah menjalani bedah ortopedi. Spesialisasi ini paling banyak dijumpai di klinik-klinik fisioterapi. Fisioterapi ortopedi dilatih untuk terampil dalam menangani pasien pasca bedah ortopedi, fraktur/patah tulang, cedera olahraga akut, radang sendi (arthritis), keseleo (sprain), strain (kaku otot/tegang), sakit punggung dan leher, gangguan tulang belakang dan amputasi.
Mobilisasi atau manipulasi sendi dan tulang belakang, terapi latihan, pendidikan neuromuscular, terapi panas atau dingin (hot/cold pack), dan stimulasi kelistrikan otot (misalnya cryotherapy, iontophoresys, elektroterapi) merupakan modalitas yang sering digunakan untuk mempercepat pemulihan dalam fisioterapi ortopedi. Sebagai tambahan, fisioterapi ortopedi juga menggunakan sonografi dalam mendiagnosa dan menangani pasien, misalnya saat muscle retraining (latihan otot). Orang-orang yang mengalami cedera atau penyakit yang berhubungan dengan tulang, otot atau tendon, akan sangat terbantu dengan adanya pemeriksaan dari fisioterapis spesialis ortopedi.
5. Pediatric
Fisioterapi pediatric membantu mendeteksi masalah kesehatan lebih dini dan menggunakan berbagai modalitas dalam menangani kelainan-kelainan gerak dan fungsi gerak di lingkungan pediatric. Spesialisasi ini mengkhususkan diri pada diagnose, treatment dan management fisioterapi pada bayi, anak-anak, dan remaja dengan berbagai kelainan bawaan, gangguan perkembangan, gangguan neuromuscular, gangguan kerangka, atau menderita suatu penyakit. Penanganannya difokuskan pada keterampilan motorik halus dan kasar, keseimbangan dan koordinasi, kekuatan dan daya tahan sebaik kognitif dan proses sensorik/integrasi. Anak-anak dengan keterlambatan pertumbuhan, cerebral palsy, spina bifida, atau torticollis dapat ditangani oleh fisioterapis spesialis pediatric.
6. Integumentary (berhubungan dengan kulit dan bagian-bagiannya)
Kondisi yang ditangani oleh spesialisasi ini adalah luka dan luka bakar. Fisioterapis spesialis intgumentary menggunakan alat-alat bedah, mechanical lavage, perban, dan topical agen untuk memperbaiki jaringan nekrotik dan mempercepat proses penyembuhan jaringan yang luka. Selain itu spesialisasi ini biasa juga menggunakan latihan, control edema, belat dan kompresi pakaian.